随着知识经济崛起，“科教兴国”“科教兴省”战略的深入，南京师大开始打破旧格局，使学科建设与教育教学并举，把教育科学研究与学科专业的研究结合起来。同时，各学科专业的基础研究向学科前沿逼近，并以此为依托，加强应用开发研究，促使两者协调发展；在实用技术研究方面，南京师大有重点地开展高新技术研究，向产业化方向发展，同时疏通纵向渠道，加强横向联合，建立多层次科研网络，形成全方位面向现代化、面向世界、面向未来的态势。1996年6月，学校生命科学学院周开亚教授和华元渝教授的两项科研成果《白暨豚和江豚的生物学和保护研究》、《中型草型湖泊渔业综合高科技术研究》分别获得原国家教委和原国家科委科技进步一等奖；地理科学学院刘泽纯教授参加的《第四纪地质》获得国家科技进步三等奖。多年来，学校坚持以学科建设为“龙头”强化科研工作，取得了突破性进展。自1993年以来，学校共承担国家级科研项目88项，省级项目173项，横向科研及开发项目231项，获得R＆D经费和科研项目经费近1亿元。申请专利25项；科技成果转化率达到41．38％。
南师大以重点学科群的建设为核心，在学校“211工程”建设规划中，确定“现代基础教育的理论与实践”等4个项目为学科建设重点项目，“法制现代化的理论与实践”等7个项目为次重点建设项目，带动全校各学科的建设与发展。经过二年努力，学科建设有了新的突破。博士后流动站由1个增加到3个，博士学位点一次性增加了5个，总数达到11个；硕士学位点由专业目录调整后的37个增加到现在的45个。
在各学科项目的具体论证中，该校将建设目标、任务和具体效益定位在师范性、教育性和为江苏“科教兴省”战略服务两个方面。尤其注重师范性与学术性的有机结合，突出为基础教育，特别是为基础教育现代化工程服务。例如，教育科学学院“现代基础教育理论和实践”项目把现代基础教育作为理论和实践的对象，在全省城乡中小学和幼儿园中实施“苏南基础教育现代化工程”和“苏北基础教育促小康工程”，并已在苏南地区先后建立了“基础教育现代化实验区”，探索有特色的基础教育现代化研究的理论体系和实践网络。该项目的建设目标是：把现代基础教育作为理论的、实践的研究对象，在各个层次（中学、小学、幼儿园）、各个区域（农村、集镇、城市），开展涉及基础教育中的德、智、体、美、劳以及课程、教材、教法、教育技术等各方面内容的研究，形成理论研究、应用研究和开发研究的综合性结构体系，产生系列化前沿性成果，同时，通过科研活动培养出一批具有丰富教育科学知识、先进教育思想和远见卓识的高层次人才，直接服务于江苏教育现代化工程。
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